1898 yılında gerçekleştirilen restorasyon, tarihi ve mimari açıdan büyük öneme sahip olan Demir Kilise (Sveti Stefan Kilisesi) için hayati bir müdahale olmuştur. Denizin üzerinde yer alan bu yapının karşılaştığı korozyon ve yapısal sorunlar, uzun süren bir onarım sürecini zorunlu kılmıştır. Proje, detaylı bir planlama ile yürütülmüş ve kilisenin hem dış hem de iç yapısı titizlikle yeniden ele alınmıştır. Bu süreç, yapının gelecekteki dayanıklılığını sağlamanın yanı sıra, tarihi mirasın korunmasına da katkıda bulunmuştur.

1898'de yapılan restorasyon, Demir Kilise (Sveti Stefan Kilisesi) için gerçekleştirilmiştir. Restorasyonun detayları şu şekildedir:

• Korozyon ve kayma sorunları: Denizin üzerinde monte edilen kilisede korozyon oluşmuş ve kilisenin üzerine monte edildiği ağaçlar su alamadığı için kayma meydana gelmiştir.
• Onarım ve güçlendirme: 14 yıl süren bir projeyle kilisenin etrafına 330 beton kazık çakılarak kayma önlenmiş, ardından kilisenin demir yapısı yenilenmiştir.
• Tamir ve yenileme: En ince detayına kadar parçalar sökülerek tamir edilmiş ve orijinal yerine yerleştirilmiştir. Bütün ana kolonlar değiştirilmiş ve kilise 100 yıl daha dayanacak hale getirilmiştir.
• İç restorasyon: Kilisenin içi de restore edilmiştir.
• Finansman: Restorasyonun finansmanını İstanbul Büyükşehir Belediyesi üstlenmiş, ayrıca Bulgaristan Başbakanının emriyle 1 milyon lira katkı sağlanmıştır.

Restorasyon, 7 Ocak 2018'de Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan ve Bulgaristan Başbakanı Boyko Borisov'un katılımıyla yeniden ibadete açılmıştır.