Anadolu Medeniyetleri Müzesi, tarihi ve kültürel zenginlikleriyle dolu bir mekân olarak, yıllar içinde gerçekleştirdiği restorasyon çalışmalarıyla daha da ön plana çıkmıştır. 2010-2014 döneminde başlayan bu yenileme süreci, hem yapısal hem de sergileme alanlarında önemli değişiklikler getirmiştir. Müze, ziyaretçilerine Anadolu'nun derin tarihini daha iyi anlama fırsatı sunarak, geçmiş ile günümüzü birleştiren bir köprü işlevi görmektedir.

Anadolu Medeniyetleri Müzesi'nde 2010-2014 yılları arasında restorasyon çalışmaları yapılmıştır. Bu çalışmalar kapsamında:

• Mahmut Paşa Bedesteni ve Kurşunlu Han'ın kubbeleri kurşun kaplama ile yenilenmiş, arastanın ahşap çatı konstrüksiyonu onarılmış ve bu bölümde bulunan 5 dükkan esas alınarak, dükkan sistemi yeniden inşa edilmiştir.
• Paleotik çağdan başlayarak, Doğu Roma dönemi sonuna kadar olan süreçteki eserler kronolojik olarak sergilenmeye başlanmıştır.
• Mimari canlandırmalar yapılmış, bilgi panoları yenilenmiş ve interaktif uygulamalarla modern bir teşhir çalışması gerçekleştirilmiştir.

Ayrıca, 2018-2021 yılları arasında Barok Enerji tarafından, müzenin tarihî ve mimari kimliğini koruyacak şekilde bir restorasyon daha gerçekleştirilmiştir. Anadolu Medeniyetleri Müzesi, her gün 08:30-18:45 saatleri arasında ziyarete açıktır.